赤道几内亚大陆部分的原始居民为俾格米人，他们的领地后来被班图人占有。1471年至1472年，葡萄牙航海家斐南·德·波（Fern?o do Pó）在寻找通往印度的航路过程中发现了斐南多波岛，将其命名为“福尔摩萨”（Formosa）。安诺本岛是在新年发现的，并由此得名。 1499年，根据托尔德西利亚条约，位于西经50度以西的领土归西班牙，以东的领土归葡萄牙，葡萄牙人由此占有亚洲和非洲地区，南美洲大部分为西班牙所有。及至奴隶贸易兴起，葡萄牙人便垄断了非洲的奴隶来源和出口权。这就引起西班牙的强烈不满，西班牙也要求在非洲得到供应奴隶的地方。 1778年，葡萄牙同意让给西班牙一些非洲沿海岛屿，以及大陆上位于欧果韦河（位于今日加蓬共和国境内）和尼日尔河之间的领土，以此作为交换条件，葡萄牙人在西经50度以西占据的美洲地区（今日巴西的西部）的所有权得到西班牙承认。同年西班牙人在福尔摩萨登陆，将其改名为斐南多波岛，以纪念其发现者。但是，由于黄热病横行，西班牙人在岛上移民的尝试屡次失败，迫使其在1781年撤出该岛。 1807年，英国颁布了禁止奴隶贸易的法令。为了实行这一禁令，英国皇家海军需要大量海军基地来监督尼日尔河河口与奴隶海岸（今贝宁共和国）之间的地带。1827年，西班牙同意把斐南多波岛租借给英国，用作稽查奴隶贸易的英国巡航舰队的停泊基地。英国人在克拉伦斯港（即圣伊莎贝尔，今名马拉博）和圣卡洛斯海湾修建了基地。斐南多波岛的统治权也落入英国手中。此后16年中，英国海军在岛上安置了许多从贩奴船上解放的黑人奴隶。 由于该岛位置重要，因此英国在1839年出价5万英镑购买该岛，两年后西班牙同意以6万英镑出卖。但当英国同意该价格时，西班牙却推翻前议，拒绝出售。至1843年，英国海军把反奴隶贸易基地挪至弗里敦，同时把岛上的建筑物出售给浸礼会教士。这些教士在1858年被西班牙人驱逐出境。 自1844年起，西班牙开始积极地开发斐南多波岛。1845年，西班牙同木尼河地区各酋长签订了条约，木尼河区沦为西班牙保护地区。从1879年起，西班牙政府将斐南多波岛用作放逐古巴犯人的流放地。 1898年，西班牙在美西战争中败北，被迫放弃了在美洲和亚洲热带地区的所有领地。接着，法国在1899年法绍达事件后占领了木尼河地区，1900年归还西班牙，以此换取法国人在斐南多波岛上购买土地的优先权。1926年，西班牙将斐南多波岛和木尼河区合并为西属几内亚。总督府设在斐南多波岛的圣伊萨贝拉，副总督和地方行政部门设在木尼河区的巴塔。 西班牙内战后，西属几内亚得到了更多的开发。1959年，该地区被划为斐南多波和木尼河两个海外省。1964年1月，两省取得内部自治地位。至1968年，在民族独立运动和联合国的双重压力下，西班牙同意给予其独立地位。1968年10月12日，西属几内亚宣告独立，改国名为赤道几内亚共和国。

　　赤道几内亚的经济以种植业为主，主要的出口产品是可可，其次为咖啡。该国长期以来被列入世界最不发达国家名单，但是1996年在赤道几内亚领海内发现了大量石油资源，此后该国经济快速增长，1997年至2001年的年平均经济增长率达41.7%。至2004年，赤道几内亚已经成为撒哈拉以南非洲的第三大石油生产国，石油产量达每天36万桶。2005年赤道几内亚国民生产总值（GDP）为256.9亿美元，人均国民生产总值为16,507 美元，居世界第42位，人均PPP已经超过3万美元。但是，绝大多数石油收入被政府要员及执政集团掌握，因此该国国民总体经济收入仍然处于贫困状态。2005年联合国评估的人类发展指数中，赤道几内亚在177个国家中排第124位。

　　1968年赤道几内亚独立后，弗朗西斯科·恩圭马（Francisco Macías Nguema）成为首任总统。1970年，该国宣布取缔所有非执政党。1972年，恩圭马宣布自己为终身总统，并实行独裁统治。1979年8月，恩圭马的侄子、“国家革命人民武装力量部”副部长奥比昂（Teodoro Obiang Nguema Mbasogo）发动军事政变，成立最高军事委员会，恩圭马被逮捕并处决。1982年赤道几内亚取消军管，奥比昂任总统，此后在1989年、1996年两次再度当选总统。

　　赤道几内亚领土面积为28,051 km2，包含两大部分，一部分称为木尼河区（Rio Muni），位于非洲大陆，大致呈东西长、南北窄的长方形，与喀麦隆、加蓬接壤，木尼河斜贯该地区。该区以巴塔为主要都市。二是位于木尼河区西北、几内亚湾中的斐南多波岛（Fernandopo），其首都马拉博即位于斐南多波岛北部。此外在木尼河区海岸外正西40公里处还有安诺本岛（Annobón）。 斐南多波岛和安诺本岛属于第三纪和第四纪时形成的火山岛，位于从喀麦隆山向西南延伸的断层带上。两岛以及木尼河区均属热带季风气候。